R语言数据可视化之美

专业图表绘制指南(增强版)· 张杰著 · 线上看书版 · 原文 + 原图 + 代码

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关于短章节:第2章作者本身只写了几页文字;第9、10、11章是增强版新增章,旧版PDF无原文,目前为精读版。
第1章 · R语言编程与绘图基础 · 88图
打地基:R 画图的三套系统(base/lattice/ggplot2)、图形设备与 par 参数、RColorBrewer/viridis 配色体系、中文字体。全书图表都建立在这一章上。
第2章 · R语言数据处理基础 · 11图
画图前的数据准备:宽表转长表(melt/gather)、mutate 加计算列、merge 合表、group_by+summarise 分组汇总。本章以文字为主,作者就写这么多。
第3章 · 类别比较型图表 · 27图
几类东西比大小:类别少用柱形图,名字长用条形图,类别多用克利夫兰点图,两时点比较用坡度图,环形数据用南丁格尔玫瑰图。
第4章 · 数据关系型图表 · 40图
两个变量什么关系:散点图(加拟合线)、气泡图(气泡大小=第三维)、等高线/切面图、瀑布图、Venn 图。微生物丰度与理化指标的相关性分析是主场。
第5章 · 数据分布型图表 · 45图
数据长什么样:直方图/核密度看是否正态,箱线图做组间对比(最常用),小提琴图看细节,云雨图信息最全。统计检验前的必看章。
第6章 · 时间序列型图表
随时间怎么变:折线图看一般趋势、面积图强调累积、螺旋图看周期性、雷达图做多维对比。水质监测、长期实验数据的标配。
第7章 · 局部整体型图表 · 13图
部分占整体多少:简单占比用饼图(作者建议少用),有层级用旭日图/树状图,精确到1%用华夫饼图。物种相对丰度占比的展示。
第8章 · 高维数据型图表 · 31图
变量太多看不清:PCA(微生物组论文标配)、t-SNE、热力图、平行坐标。16S 测序结果第一张图通常就是 PCA 看样本分群。
第9章 · 层次关系型图表 · 精读版
层级/聚类怎么展示:树状图、旭日图、矩形树状图、圆填充图。物种聚类、样品相似性聚类的展示。(增强版新增章,无原文,精读版)
第10章 · 网络关系型图表 · 精读版
实体之间什么关系:节点链接图、和弦图、桑基图、边绑定图。微生物共现网络、代谢路径图。(增强版新增章,无原文,精读版)
第11章 · 地理空间型图表 · 精读版
数据带位置怎么画:点状地图、气泡地图、分级统计图、变形地图。因地图管理条例,书中用虚拟数据演示。(增强版新增章,无原文,精读版)
第12章 · 论文中学术图表的升级技能 · 10图
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